因此迫切需要通过高质量的临床和实验数据分析疾病的原因并开发新的检测方法来解决这一问题。
8月2日，中国科学院深圳先进技术研究院与纪念斯隆凯特琳癌症中心、埃默里大学研究团队合作，在《自然医学》杂志上发表了最新研究成果。
研究团队发现，临床上引起突破性真菌血流感染的近平滑念珠菌菌株中，不少菌株具有不同于经典的对抗真菌药物米卡芬净耐药的表型——异质性耐药，且肠道内定植异质性耐药菌株的患者发生突破性血流感染的风险明显高于仅定植敏感菌株的患者。此外，这种特殊的药敏表型在各国菌株中均有常见。
由于现有临床药敏检测方法将零异质性耐药菌株全部判定为敏感菌株，会误导抗真菌药物的选择，针对此，研究团队利用机器学习模型算法，通过不超过10个基因组特征对异质性耐药表型做出相对准确的预测。
他们首先分析了 2016 年至 2020 年间在纪念斯隆凯特琳癌症中心接受造血干细胞移植的 952 名患者中突破性真菌血流感染的病例，发现其中近一半是由近平滑念珠菌引起的。这些患者在移植过程中均使用了棘白菌素类药物米卡芬净。通过分析这些菌株的菌落谱，研究人员发现它们中的大多数对米卡芬净具有异质性耐药性。
研究人员通过综合分析200余例移植患者的临床信息、肠道菌群信息及肠道/血液近平滑念珠菌菌株的药物敏感性表型，发现在移植过程中发生肠道近平滑念珠菌定植的29例患者中，定植异种耐药菌株的患者发生突破性血流感染的风险显著高于仅有敏感肠道定植菌株的患者。
为探究临床菌株中米卡芬净异种耐药的流行情况，该研究在来自美国、中国、法国、德国等不同医疗机构的共219株近平滑念珠菌中发现了米卡芬净异种耐药菌株，提示这种临床上重要的药敏表型可能在更广泛的地域范围内影响棘白菌素类药物防治真菌感染的有效性。
本研究构建了基于不超过10个基因组特征预测异质性耐药表型的机器学习模型算法并进行了概念验证研究，为未来开发可用于临床的快速异质性耐药检测方法提供了基础。
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